國內國外開(kāi)展微生物檢驗的食品類(lèi)型較多，食品分類(lèi)方式也各有不同?？偟膩?lái)看涉及到微生物檢驗的食品類(lèi)型具體有：奶制品、預烹煮食品、生活用水、蛋制品、水果、谷類(lèi)、嬰兒食品、肉及肉食品、無(wú)脊椎動(dòng)物、禽肉、貝殼類(lèi)、白明膠、香草（藥）、速食食品、罐頭、調味料，粉類(lèi)制品、豆類(lèi)食品、冷凍飲品、糖塊、海產(chǎn)品、甜品、蔬菜水果、藻類(lèi)植物、食療食品、米面制品等。

在我國開(kāi)展微生物檢驗的重點(diǎn)食品類(lèi)型為：奶制品、罐頭、調味料、蛋制品、淀粉類(lèi)制品、發(fā)酵和非發(fā)酵性豆類(lèi)食品、冷凍飲品、糖塊、食用天然礦泉水等，之中食糖及其保健品的微生物檢驗為在我國所特有。